Patrimonio desaparecido
Las desamortizaciones, la reducción de parroquias, la supresión de las órdenes religiosas y el abandono y consiguiente ruina de algunos edificios singulares llevaron a la desaparición de magníficos palacios y casas aragonesas, pertenecientes a ilustres familias e infanzones, que salpicaban el casco histórico de la ciudad, como la de la antiquísima familia de Aparicio, la ilustre familia de Esparza, más tarde Quintanilla, o la de los Fernández de Heredia. También fueron cayendo acuartelamientos, cementerios y hospitales, como el Hospital de Peregrinos o del Espíritu Santo, el de Nuestra Señora del Clero, en el lugar que ahora ocupa el Palacio del Barón de Warsage, el de Los Luna, el de La Magdalena… Casinos, ventas, teatros… un número interminable de edificaciones más o menos reseñables que hicieron de Calatayud una ciudad monumental. Aunque la documentación que se conserva no es muy abundante, recordaremos algunos de los más importantes.
Edificación religiosa

- Monasterio de San Pedro Mártir de Verona del Convento de Dominicos
Finales del siglo XIV. Mudéjar. Barrera de Marcial.
- Iglesia de Santa Cristina
Fundación de Alfonso I. Entre el barranco de las Pozas y la Puerta de Terrer.
- Iglesia de San Martín
Portada mudéjar. Plaza de Miguel Primo de Rivera (antes de San Martín).
- Iglesia de San Miguel
Una de las parroquias más antiguas de la ciudad. Mudéjar. Plaza de San Miguel.
- Iglesia de Santa Lucía
Perteneció a la encomienda de San Juan de Jerusalén o del Hospital. Plaza Darío Pérez, frente al teatro Principal.
- Iglesia de San Torcuato
Calle y plaza de San Torcuato (actual plaza de Ballestero).
- Iglesia de Santiago
Una de las primeras fundaciones de la ciudad. Ábside románico y naves góticas. Entre la plaza de Santiago, plaza del Carmen y calle Sancho y Gil.
- Iglesia de San Pedro de los Serranos
Fundación de Alfonso I. Entre San Pedro, Santiago y la colegiata del Santo Sepulcro.
- Iglesia de Santo Domingo de Silos
Fundación de Alfonso I. Gótico. Junto a la Puerta de Terrer.
- Iglesia de San Salvador
Una de las primeras fundaciones. Ubicada seguramente en lo que hoy es San Juan El Real.
- Iglesia de San Juan de Vallupié
Fundación de Alfonso I. Románico. Plaza de San Juan el Viejo. Contaba con una portada renacentista de los mismos autores que la de la colegiata de Santa María.
- Iglesia de San Marcos y Monasterio de las Canonesas del Santo Sepulcro
Fundado en 1306. Plaza de San Marcos.
- Convento de San Francisco
Finales del siglo XIV. Iglesia mudéjar. Plaza de San Francisco.
- Convento de la Trinidad o de San Juan de Letrán de frailes Trinitarios
Siglo XVIII. Entre la Rúa de Dato y la plaza Bardají. Fundado extramuros en 1524, fue trasladado al interior de la ciudad en 1661.
- Convento de San Antón
Entre finales del siglo XIII o principios del XIV. Los Antonianos, primero se establecieron al otro lado de río Jalón y posteriormente pasaron a la calle San Antón.
- Convento del Carmen Calzado
Siglo XIV. Plaza del Santo Sepulcro.
- Convento de San Alberto de Frailes Mercedarios
Siglo XIII. Plaza del Fuerte y Paseo Ramón y Cajal. También llamado de San Agustín de frailes de la Merced y Redención de Cautivos.
- Real Monasterio de Santa Clara
Siglo XIV. Plaza del Fuerte. Benedicto XIII impulsó la construcción de la iglesia, bajo la advocación de San Lorenzo. Finalizada en 1398, era gótica y de una sola nave.

- Convento de Carmelitas Descalzas
En 1603 se establecieron en un sólido edificio de ladrillo en lo que actualmente es la glorieta de las Islas Canarias. En 1839, durante las Guerras Carlistas, se procedió a su demolición, trasladándose las monjas a la calle Descalzas, para ocupar finalmente el antiguo convento de los Descalzos.
- Convento de San Serafín del Monte de Padres Capuchinos
Año 1600. Inicialmente en una cueva debajo del peirón de San Vicente.
- Convento de San Nicolás de Tolentino de Agustinos Recoletos o de la Correa
Año 1606. Plaza de la Correa. Con los restos de su portada se ha construido un recordatorio en la plaza.
- Convento de San José de Dominicas
Año 1625. Paseo San Nicolás Francia. Fundado por don José de Palafox, vicario general de Calatayud y obispo de Jaca.
- Fosal de la Calle de las Almas
Pequeño patio situado en la actual calle Amparados, con dos enrejados de madera y algunos cuadros, que sirvió como cementerio a los pobres de solemnidad hasta la edificación de un posterior cementerio extramuros.
- Casa de la Orden del Temple
Plaza Darío Pérez. En el espacio que ocupa el hasta hace poco cine Principal, y antes cuartel de caballería. Desapareció en el siglo XIV y sus bienes pasaron a la iglesia de Santa Lucía.

Edificación civil

- Palacio de Juan Cobo
Calle de San Miguel, también llamado de Sicilia. Durante algunos años del siglo XIX estuvo habitado por el legendario bandolero.
- Palacio de la familia Aparicio
Calle de Sancho y Gil, frente a la iglesia de Santiago. Destacaba el techo del zaguán.
- Palacio de los Fernández de Heredia
Plaza de Costa. En uno de sus extremos contaba con un grueso y elevado torreón. En este palacio se hospedaban los reyes en sus visitas a la ciudad.
- Coso de Cantarranas
Entre la plaza del Fuerte y la actual calle Juan Gualberto Bermúdez. También conocida como Plaza de Toros del Hospicio, se construyó hacia 1830. Era octogonal, con tendido cubierto, y gradas y palcos de madera.
- Palacio de los Pérez de Nueros
Rúa de Dato y plaza del Fuerte. Con fachada principal a la Rúa, era un edificio de carácter aragonés con la peculiaridad de la logia de la última planta, con cinco arcos de medio punto, con las enjutas decoradas. Se coronaba con frontón que remataban tres pináculos cuadrangulares con esferas.
- Palacio de los Condes de Argillo
Rúa de Dato. Esta familia contaba con otro, que aún perdura, en la calle Gracián. El de la entrada de la Rúa destacaba, sobre todo, por un interesantísimo alero de mascarones. Anteriormente se nombraba como el de los Muñoz de Pamplona y, a la típica galería de arquetes, añadía un torreón con cuatro arcos apuntados a cada lado.
- Casa de Esparza
Rúa de Dato. Con un interesante patio plateresco con columnas de alabastro y un hermoso alfarje en las escaleras.
